申请三类医疗器械经营许可证需要注意以下几个方面：

提交资料的准确性和完整性：申请人需要按照相关规定提交必要的申请材料，包括企业法人营业执照、税务登记证、组织机构代码证、医疗器械质量管理体系证书等等。这些资料需要真实、准确、完整，确保符合相关法规和规定。

注意资质要求：申请人需要具备一定的条件和资质才能申请三类医疗器械经营许可证，如拥有一定的注册资本、有固定的经营场所等。此外，申请人还需要符合相关法规和规定中关于医疗器械经营企业的其他要求。

注重申请流程：申请人需要了解并按照相关的申请流程进行申请。需要仔细阅读相关的申请材料清单、注意事项、流程指引等文件，确保按照流程顺利进行申请。

注意时间节点：申请人需要注意相关申请材料的递交和审批时间节点，避免错过重要的时间节点。同时也需要留出充足的时间预留申请材料准备和流程审批等环节所需的时间。

坚持合规经营：获得三类医疗器械经营许可证并不代表可以随意经营。申请人需要严格遵守相关的法律法规和规定，坚持合规经营，确保产品和服务的质量和安全，防范相关的经营风险。